เอ็กเบิร์ตน่าจะประสูติในเคนต์ในราวปี ค.ศ. 771 ถึง ค.ศ. 775 ตามพงศาวดารแองโกล-แซกซันทรงเป็นพระโอรสของพระเจ้าอีล์มันด์แห่งเคนต์ "ผู้ปกครองราชอาณาจักรในระยะเวลาสั้นๆ ในช่วงปี ค.ศ. 784 ถึง ค.ศ. 785" ทว่านักวิชาการยุคใหม่แย้งว่าพระองค์น่าจะชาวเวสเซ็กซ์มากกว่าชาวเคนต์ พงศาวดารแองโกล-แซกซันได้ไล่สายตระกูลและอ้างว่าบรรพบุรุษของพระองค์คือพระเจ้าเซอร์ดิก ปฐมกษัตริย์ผู้ก่อตั้งราชอาณาจักรเวสเซ็กซ์ (ครองราชย์ ค.ศ. 519 – 540) ทว่าพงศาวลีวิทยาในยุคต่อมาสันนิษฐานว่าพงศาวดารฉบับนี้น่าจะเขียนขึ้นตามคำกล่าวอ้างของพระเจ้าเอ็กเบิร์ตที่ต้องการสร้างอำนาจให้กับการเป็นกษัตริย์ของตนเองจึงเชื่อถือไม่ได้

หากเอ็กเบิร์ตเป็นชาวเคนต์ พระองค์น่าจะเติบโตในยุคที่เมอร์เซียกำลังครองความเป็นใหญ่เหนือราชอาณาจักรและได้ตั้งอนุกษัตริย์ขึ้นมาปกครองเคนต์โดยมีเมอร์เซียชักใยอยู่เบื้องหลัง ในปี ค.ศ. 786 พระเจ้าซีนวูล์ฟแห่งเวสเซ็กซ์เสด็จสวรรคต เบออร์ทริก ขุนนางเวสเซ็กซ์ได้อ้างสิทธิ์ในบัลลังก์โดยมีเอ็กเบิร์ตเป็นผู้ท้าชิงตำแหน่ง (จึงทำให้มีคนแย้งว่าพระองค์น่าจะเป็นชาวเวสเซ็กซ์) พระเจ้าออฟฟาแห่งเมอร์เซียให้การหนุนหลังเบออร์ทริกและได้ผนึกข้อตกลงกับเวสเซ็กซ์ด้วยการให้อีดเบอร์ พระราชธิดาของพระองค์สมรสกับพระเจ้าเบออร์ทริก เอ็กเบิร์ตถูกขับไล่ออกจากดินแดนและหนีไปราชอาณาจักรแฟรงก์

ในตอนนั้นราชอาณาจักรแฟรงก์รวมตัวกันเป็นจักรวรรดิที่เป็นหนึ่งเดียวภายใต้การปกครองของจักรพรรดิชาร์เลอมาญ จักรพรรดิได้ให้การคุ้มครองเอ็กเบิร์ต พระเจ้าออฟฟาสวรรคตในปี ค.ศ. 796 และเมื่อพระเจ้าเบออร์ทริกสวรรคตในปี ค.ศ. 802 เอ็กเบิร์ตได้เดินทางกลับบ้านเกิดเมืองนอนเพื่อสืบทอดตำแหน่งต่อ แม้ผู้ปกครองของเมอร์เซีย ดินแดนเพื่อนบ้านจะพยายามขัดขวางไม่ให้พระองค์ได้ขึ้นครองบัลลังก์ แต่จักรพรรดิชาร์เลอมาญน่าจะหนุนหลังเอ็กเบิร์ตจนทำให้พระองค์ได้ขึ้นเป็นกษัตริย์แห่งเวสเซ็กซ์

ในช่วงเอ็กเบิร์ตอยู่ในราชอาณาจักรแฟรงก์ มีบันทึกว่าพระองค์ได้สมรสกับเจ้าหญิงชาวแฟรงก์นามว่าเรดเบอร์กาที่เชื่อกันว่าเป็นพี่น้องของจักรพรรดิชาร์เลอมาญ ทั้งคู่มีบุตรด้วยกันสามคน เป็นบุตรชาย 2 คนและบุตรสาว 1 คน